El Villar de Sobrepeña es un pequeño pueblo situado en las altiplanicies del macizo calizo de Sepúlveda. Es el pueblo con más extensión dentro del Parque Natural de las Hoces del río Duratón.

La zona norte del territorio de la localidad del Villar de Sobrepeña se caracteriza por la presencia de imponentes barrancos calizos y cortados entre los que discurre el río Duratón formando distintas hoces o meandros. Las partes altas de los páramos tienen suelos más bien pedregosos con presencia de encinas, sabinas, enebros, espinos y plantas aromáticas, y en las zonas con suelos más profundos hay cultivos agrícolas. En las laderas de la umbría de las hoces del río Duratón existen algunas repoblaciones de pinares de pino laricio. En el fondo del valle del río Duratón aparece su bosque de ribera con algunas plantaciones de chopos. La situación del pueblo en el corazón del Parque Natural permite al visitante acceder andando hasta el conocido como Puente del Villar, desde donde se pueden contemplar unos paisajes de singular belleza. Sus cañones de más de 100 metros de profundidad, labrados en la piedra caliza por años de erosión, son el hogar de infinidad de especies animales, entre las que destaca una importante colonia de buitre leonado. Además, su gran diversidad de ambientes, que van desde el páramo a los bosques de ribera, permiten alojar una enorme variedad de flora. La especial protección con la que cuenta el Parque Natural de las Hoces del Duratón desde 1989, ha permitido el desarrollo sostenible de todos los municipios de su entorno, conjugando la mejora de la calidad de vida de sus vecinos con la preservación del medio rural y asegurando los recursos naturales a las generaciones futuras.

La zona sur del territorio de la localidad del Villar de Sobrepeña está dominada por cultivos agrícolas en secano y en su extremo sur se localiza el río San Juan, con bosque de ribera, plantaciones de chopos e importantes barrancos enclavados en el terreno.

Esta localidad es conocida por la calidad de la piedra rosa que se extrae de las canteras que hay junto a la carretera de Sepúlveda.